Cessato l’uso difensivo, la Torre Santa Maria, nel frattempo acquisita dal Comune, fu modificata e adibita a carcere a gestione comunale. Si provvide a ricavare sulla terrazza soprastante due ambienti: uno, coperto, fu destinato a cella comune e l’altro, senza tetto, a spazio per l'ora d’aria dei carcerati; il ponte levatoio fu sostituito con una scala in muratura e le finestre trasformate a bocca di lupo; furono ricavate celle dotate di cancelli, una delle quali, “di rigore”, nel sottoscala e tanto bassa da non poterci stare in piedi. Nella torre venivano rinchiusi coatti e confinati condannati a pene brevi inflitte dal pretore e i giudicandi in transito per altre carceri.
La torre mantenne la destinazione a carcere sino all’ultima guerra mondiale. Nei primi anni 70 del ‘900 fu restaurata: tolto l'intonaco, furono messi in evidenza i conci di tufo locale, fu eliminato il balconcino sul lato est del primo piano che ospitava i servizi igienici, trasferiti al piano terra, e rifatto il tetto dell’ultimo piano, assorbendo anche la parte nord destinata all’ora d’aria dei carcerati. Furono inoltre sostituiti gli infissi alle grate ed eliminati i cancelli nelle celle del primo piano.
Dal 1976 la torre fu data in uso alla Soprintendenza alle Antichità divenendo deposito dei reperti archeologici rinvenuti sull’isola; nel 1977 vi furono allestite le vetrine dell’embrione del museo civico; nel 1998 divenne sede del primo museo di archeologia subacquea e, nel 2010, sezione del Museo Civico “P. Carmelo Seminara”.
Anche la gemella Torre dello Spalmatore, pur essa ora del Comune, ha avuto diverse destinazioni d'uso: abitazione di privati; caserma dei carabinieri; posto di guardia dell'esercito; ovile; sede dell'Accademia Internazionale delle Attività Subacquee e poi delle attività didattiche della Riserva Marina.
