In epoca borbonica il sito fu trasformato in una rocca difensiva fortificata da mura perimetrali e armata con tre cannoni da 12; i fabbricati, ancora oggi esistenti, furono realizzati con materiale prelevato dalle abitazioni romane distrutte. La rocca fu anche centro di raccolta delle informazioni inviate a voce o con fani dalle garitte poste lungo la costa settentrionale: ciò facilitava il trasferimento delle informazioni al Governatore, che abitava poco più in basso. Più a valle, nel 1801, fu realizzato il Rivelino San Giuseppe, un avamposto per potenziare la difesa della rocca nella previsione che vi si dovesse riparare la popolazione in caso di attacco di corsari.
I fabbricati furono anche utilizzati per alloggiarvi parte dei 778 deportati libici arrestati nel contesto della repressione della grande rivolta araba esplosa nel 1914 e arrivati a Ustica il 14 giugno 1915 con il piroscafo “Re Umberto”. Più in particolare: 730 di loro facenti parte delle bande di irregolari ingaggiati dal colonnello Miani per la sua campagna di “polizia coloniale” nella Sirtica e che, dopo aver fatto causa comune con i guerriglieri, avevano concorso alla grave disfatta italiana di Al-Qardabiyyah (15 aprile 1915); 22 confinati a Tripoli; 26 detenuti politici. Tutti i deportati erano indicati come «ostaggi».
Durante la seconda guerra mondiale la rocca fu utilizzata dai tedeschi, che vi avevano impiantato postazioni di mitragliatrici in difesa della cala Santa Maria e nuove strumentazioni sperimentali per il controllo dei mari e dei cieli.
I fabbricati ora ospitano il Laboratorio-Museo di Scienze del Terra “Isola di Ustica”.